Upravni odbor Komore magistara farmacije Federacije Bosne i Hercegovine predstavlja izvršni organ Komore koji je odgovoran za provođenje odluka, zaključaka i smjernica koje donosi Skupština Komore. Kroz svoj rad Upravni odbor osigurava kontinuitet funkcionisanja Komore, koordinira njene aktivnosti i učestvuje u realizaciji stručnih, organizacionih i administrativnih poslova od značaja za farmaceutsku profesiju.
Upravni odbor čine predstavnici izbornih jedinica sa područja Federacije Bosne i Hercegovine, kao i predstavnici saradničkih farmaceutskih fakulteta. Članovi Upravnog odbora biraju se na mandatni period utvrđen Statutom Komore, a njihov rad temelji se na principima stručnosti, odgovornosti i zastupanja interesa članova Komore.
U okviru svojih nadležnosti, Upravni odbor priprema prijedloge općih akata Komore, finansijski plan i plan rada, predlaže kandidate za organe Komore, te razmatra pitanja značajna za razvoj i unapređenje farmaceutske djelatnosti. Također, Upravni odbor učestvuje u postupcima izdavanja, obnavljanja i oduzimanja licenci, daje stručna mišljenja nadležnim institucijama, prati provođenje stručnog usavršavanja članova Komore i aktivno radi na zaštiti profesionalnih interesa magistara farmacije.
Pored toga, Upravni odbor učestvuje u organizaciji stručnih skupova, edukacija, kongresa i drugih oblika kontinuirane edukacije, te ostvaruje saradnju sa zdravstvenim institucijama, fakultetima i drugim organizacijama relevantnim za razvoj farmaceutske struke.
.